Enterobacter Aerogenes est une bactérie gram-négative avec une morphologie en forme de tige . Cela signifie qu'il a une paroi cellulaire qui ne conserve pas la tache de cristal violet utilisée dans la coloration du Gram, et ses cellules apparaissent sous forme de tiges cylindriques courtes au microscope.

Bien que son arrangement cellulaire ne soit pas une caractéristique déterminante, Enterobacter Aerogenes se produit généralement par paires ou courtes chaînes . Cet arrangement n'est pas aussi étroitement groupé qu'un arrangement "Coccus" (bactéries sphériques en grappes) ou aussi étendue qu'un arrangement "filamenteux" (structures longues en forme de chaîne).

Il est important de noter que l'arrangement spécifique peut varier en fonction des conditions de croissance et du stade du cycle de vie bactérien.