Cependant, les organismes traditionnellement regroupés dans le Royaume Monera sont désormais classés en deux domaines distincts:
1. Bactéries: Ce sont des procaryotes à cellule (sans noyau) avec diverses capacités métaboliques. Ils se trouvent dans presque tous les environnements sur Terre.
2. Archaea: Les procaryotes mono-cellés, les archées se trouvent souvent dans des environnements extrêmes comme les sources chaudes ou les environnements très salins. Ils ont une biochimie unique et seraient plus étroitement liés aux eucaryotes (organismes avec un noyau) que les bactéries.
Par conséquent, bien que le terme "monera" ne soit plus utilisé, les deux types d'organismes traditionnellement inclus à l'intérieur sont bactéries et archaea .