* Nature microscopique: Les archées et les bactéries sont des organismes unicellulaires, invisibles à l'œil nu. Les microscopes n'étaient pas suffisamment avancés dans le temps de Linnaeus pour observer et différencier ces minuscules formes de vie.
* similitudes: Les bactéries et les archées partagent certaines similitudes superficielles dans leur morphologie (forme et structure). Linnaeus a regroupé tous les organismes unicellulaires qu'il a observés sous le royaume "Animalcule" (renommé plus tard "Monera").
* Compréhension limitée de la biochimie: Les différences fondamentales entre les archées et les bactéries, en particulier leur biochimie et leur génétique, n'ont été découvertes que bien plus tard. Les chemins évolutifs distincts et les caractéristiques biochimiques uniques d'Archaea n'étaient pas connues de Linnaeus.
en résumé: Le système de Linnaeus était basé sur le monde macroscopique qu'il pouvait observer directement. La découverte et la compréhension des micro-organismes comme les archées et les bactéries n'étaient possibles qu'avec le développement de microscopes avancés et de techniques biochimiques, longtemps après le temps de Linnaeus.
