Une différence majeure entre le domaine Eukarya et les bactéries des domaines et les archées est la présence d'un noyau .

* eucaryotes avoir un vrai noyau enfermé par une membrane, qui abrite leur matériel génétique (ADN).

* bactéries et archaea sont procaryotes , ce qui signifie qu'ils manquent d'un noyau lié à la membrane . Leur ADN est situé dans une région appelée nucléoïde, mais il n'est pas séparé du reste de la cellule par une membrane.