Les protozoaires étaient traditionnellement classés comme un phylum au sein du Royaume Protista, mais des recherches récentes ont montré qu'il s'agit d'un groupe polyphylétique , ce qui signifie qu'ils ne partagent pas un seul ancêtre commun. Cela signifie qu'ils ne sont pas un regroupement naturel et ont été reclassés en différents phyla en fonction des relations évolutives.
Au lieu d'un seul phylum, les protozoaires sont désormais répartis sur plusieurs phyla différents dans le Royaume Protista, y compris:
* Amoebozoa: Amibes
* Foraminifera: Foraminiferans
* ciliophora: Ciliés
* apicomplexa: Apicomplexans
* radiolaria: Radiolaires
* diplomonadida: Diplomonades
* Parabasalida: Parabasalides
Il n'y a donc pas de nom scientifique unique pour "Phylum Protozoa" car il n'est plus un phylum valide dans la classification moderne. Au lieu de cela, les différents groupes qui étaient auparavant classés comme protozoaires sont désormais répartis sur plusieurs phyla différents dans le Royaume Protista.
