Les champignons shiitake, comme tous les champignons, sont haploïdes . Cela signifie qu'ils n'ont qu'un seul ensemble de chromosomes .

Le nombre exact de chromosomes varie selon les espèces, mais pour les champignons shiitake (lentinula edodes), le nombre haploïde est 14 .

Ainsi, une cellule de champignons shiitake a 14 chromosomes .