En 1665, il a publié ses observations dans son livre "Micrographia", où il a décrit la structure de Cork comme étant composée de petits compartiments qu'il a appelés "cellules" parce qu'ils lui rappelaient les cellules dans un monastère. Bien qu'il n'était pas la première personne à utiliser un microscope, ses observations détaillées et sa publication ont été cruciales pour établir les bases de l'étude des cellules.