1. un noyau: Les protistes sont des eucaryotes, ce qui signifie qu'ils ont un véritable noyau qui enferme leur ADN. Les bactéries sont des procaryotes et leur ADN est situé dans une région appelée nucléoïde, qui n'est pas enfermée par une membrane.

2. Organeles: Les protistes ont divers organites liés à la membrane, tels que les mitochondries, l'appareil Golgi et le réticulum endoplasmique. Ces organites sont responsables de l'exécution de fonctions spécifiques dans la cellule. Les bactéries n'ont pas ces organites complexes.

Bien qu'il existe des exceptions (par exemple, certaines bactéries ont des structures liées à la membrane qui ressemblent aux organites), en général, la présence d'un noyau et d'autres organites liés à la membrane définit des caractéristiques qui distinguent les protistes des bactéries.