La pepsine est essentielle à la digestion des protéines de l'estomac. Il décompose les protéines en peptides plus petits, qui peuvent ensuite être décomposés par d'autres enzymes digestives dans l'intestin grêle. Sans pepsine, l’organisme ne serait pas capable de digérer correctement les protéines, ce qui pourrait conduire à la malnutrition.
Le pepsinogène est également important pour protéger l’estomac de l’environnement acide. L'acide chlorhydrique est très corrosif et peut endommager les cellules de la muqueuse de l'estomac. Le pepsinogène aide à protéger l’estomac en formant une couche protectrice à la surface des cellules. Cette couche aide à empêcher l’acide d’entrer en contact avec les cellules et de causer des dommages.