Le processus de diagnostic du syndrome de Marfan implique une combinaison d'évaluations cliniques, d'antécédents familiaux et de critères diagnostiques spécifiques établis par les critères de Gand. Ces critères comprennent des évaluations de diverses caractéristiques physiques, telles que des anomalies squelettiques, des problèmes oculaires et des manifestations cardiovasculaires. Les critères révisés de Gand, mis à jour en 2010, fournissent des lignes directrices plus complètes pour diagnostiquer le syndrome de Marfan et peuvent aider à identifier les personnes affectées même dans les cas où aucune mutation FBN1 n'est identifiée.
Étant donné que le syndrome de Marfan peut se manifester différemment selon les individus affectés, une combinaison d'évaluations cliniques, de tests d'imagerie et d'analyses génétiques de plusieurs gènes impliqués dans la maladie (y compris, mais sans s'y limiter, FBN1) est nécessaire pour un diagnostic précis. S'appuyer uniquement sur l'analyse du gène FBN1 peut manquer une partie considérable des cas, conduisant à des diagnostics erronés potentiels ou à des diagnostics retardés.