Dans le contexte des enzymes de restriction, un palindrome est une séquence de nucléotides qui lit la même chose en avant et en arrière sur les deux brins d'ADN. Ces séquences palindromiques servent de sites de reconnaissance pour des enzymes de restriction spécifiques, qui sont des protéines qui clivent le squelette de l'ADN au niveau ou à proximité de leurs séquences cibles.

Chaque enzyme de restriction reconnaît et coupe une séquence palindromique spécifique. Par exemple, l'enzyme de restriction EcoRI couramment utilisée se lie à la séquence palindromique 5'-GAATTC-3' et la clive. Les deux brins d'ADN auront les séquences complémentaires suivantes au site EcoRI :

Brin supérieur :5'-...G AATTC... =...CTTAA G...-3'

Brin inférieur :3'-...C TTAA G... =...GAATTC...-5'

Le palindrome est évident dans les séquences complémentaires. Lorsque l'ADN est clivé par EcoRI, les deux extrémités collantes résultantes seront également palindromiques, permettant une ligature facile à d'autres fragments de restriction avec des surplombs compatibles.

De plus, certaines enzymes de restriction coupent le brin d'ADN au sein de la séquence de reconnaissance, tandis que d'autres coupent quelques nucléotides du site. Cette propriété conduit respectivement à des extrémités émoussées ou à des extrémités cohésives (également connues sous le nom de « extrémités collantes ») lors de la digestion. Comprendre la reconnaissance des palindromes et le modèle de clivage des enzymes de restriction est crucial pour manipuler et analyser l'ADN dans le domaine du génie génétique et des applications biotechnologiques.