Cependant, chez certaines espèces, le sexe n’est pas déterminé par les chromosomes sexuels. Au lieu de cela, elle est déterminée par d’autres facteurs, tels que l’environnement ou la présence de certains gènes. Par exemple, chez certaines espèces de reptiles, le sexe est déterminé par la température à laquelle les œufs sont incubés. Chez certaines espèces de poissons, le sexe est déterminé par la présence ou l’absence d’un seul gène.
Dans un cas particulier, la mouche des fruits *Drosophila melanogaster*, un petit pourcentage d'individus se développent comme mouches intersexuées. En effet, certaines cellules de ces mouches ne peuvent pas « dire » si elles sont mâles ou femelles. Ces mouches intersexes ont des organes reproducteurs mâles et femelles et peuvent être stériles.
La raison de ce phénomène inhabituel n’est pas entièrement comprise, mais on pense qu’elle est due à une mutation d’un gène impliqué dans la détermination du sexe. Cette mutation amène certaines cellules de la mouche à se développer avec une identité masculine, tandis que d’autres cellules se développent avec une identité féminine. En conséquence, la mouche se développe avec des organes reproducteurs mâles et femelles.