Mycobacterium tuberculosis, comme toutes les bactéries, utilise la protéolyse pour dégrader les protéines et les peptides inutiles, mal repliés et endommagés en éléments de base moléculaires :les acides aminés. Il existe deux systèmes protéolytiques essentiels (appelés protéases ATP-dépendantes) :la protéase ClpP et la protéase Lon. Chacun joue un rôle important et bien caractérisé dans le contrôle de la qualité des protéines bactériennes et le contrôle de la virulence chez M. tuberculosis.