L’affirmation selon laquelle l’absence d’un système immunitaire important chez de nombreuses bactéries en raison de l’auto-immunité n’est pas exacte. L'auto-immunité est généralement associée au système immunitaire des vertébrés et se caractérise par une réponse immunitaire dirigée contre les propres tissus ou cellules de l'organisme. Les bactéries n’ont pas de système immunitaire adaptatif comparable à celui des vertébrés et ne présentent pas d’auto-immunité de la même manière. Les bactéries possèdent divers mécanismes de défense pour se protéger contre les menaces et les infections externes, notamment des barrières physiques telles que la paroi cellulaire et la membrane, des systèmes de restriction-modification, des systèmes CRISPR-Cas et d'autres mécanismes de type immunitaire.