Les cellules souches de l'épithélium intestinal se trouvent dans les cryptes de Lieberkühn, qui sont de petites dépressions dans la muqueuse intestinale. Ces cellules souches se divisent symétriquement pour produire davantage de cellules souches, et elles se divisent également asymétriquement pour produire des cellules amplificatrices de transit (TA). Les cellules TA se divisent ensuite plusieurs fois pour produire des cellules épithéliales immatures, qui migrent vers le haut de la crypte et finissent par se différencier en cellules épithéliales matures.
Les cellules épithéliales matures tapissent la surface de l’intestin et sont responsables de l’absorption des nutriments, de la sécrétion du mucus et de la protection du corps contre les substances nocives. Elles finissent par se détacher dans la lumière de l'intestin et sont remplacées par de nouvelles cellules provenant de la crypte.
Le processus de prolifération et de différenciation des cellules épithéliales est étroitement régulé par un certain nombre de facteurs, notamment les facteurs de croissance, les cytokines et les hormones. Ces facteurs contrôlent le taux de division des cellules souches, la prolifération des cellules TA et la différenciation des cellules épithéliales.
Les perturbations du processus de renouvellement des cellules épithéliales peuvent entraîner un certain nombre de maladies intestinales, notamment la maladie de Crohn, la colite ulcéreuse et le cancer colorectal.
