L'emmêlement dans les engins de pêche, en particulier les filets maillants et les chaluts, est la principale cause de mortalité des baleines noires en Argentine. Les baleines noires se déplacent lentement et s’approchent souvent du rivage, ce qui les rend vulnérables aux empêtrements. De plus, les fanons des baleines noires, qu'elles utilisent pour filtrer la nourriture de l'eau, peuvent s'emmêler dans les engins de pêche, provoquant des blessures, voire la mort.

Les autres menaces pesant sur les baleines noires en Argentine comprennent les collisions avec les navires, la pollution sonore et la dégradation de leur habitat. Les collisions avec des navires sont particulièrement préoccupantes dans les zones où les baleines noires migrent et se nourrissent, comme le Golfo San Matias et la péninsule Valdés. La pollution sonore provenant du transport maritime, de l’exploration pétrolière et gazière et d’autres activités humaines peut également perturber la communication et le comportement des baleines noires. La dégradation de l'habitat, comme la perte de forêts de varech et d'autres aires d'alimentation importantes, peut également réduire la disponibilité de nourriture et d'abris pour les baleines noires.