Phytobiomes est une revue multidisciplinaire qui publie des recherches originales sur les organismes et les communautés et leur interaction avec les plantes dans n'importe quel écosystème. Son objectif est d'offrir une nouvelle vision de l'agriculture dans laquelle une productivité agricole durable est atteinte grâce à une compréhension au niveau des systèmes des divers composants interagissants du phytobiome. Crédit :La Société américaine de phytopathologie
À ce jour, les scientifiques étudient de plus en plus la structure des communautés microbiennes et leur composition associées aux plantes, mais peu l'ont fait dans le contexte des maladies vasculaires.
De telles études, bien que, peut avoir un impact important sur la protection des cultures grâce au développement de bioinoculants et de biopesticides, en particulier pour les cultures ligneuses comme la vigne, qui sont généralement associés à une utilisation plus intensive des pesticides chimiques.
Cela est particulièrement vrai pour un agent pathogène bactérien nommé Xylella fastidiosa . Lorsqu'il se multiplie dans les tiges des raisins et autres cultures ligneuses, il altère le mouvement de l'eau et des nutriments dans la plante. Ce phénomène, identifié comme la maladie de Pierce, est un enjeu bien connu et économiquement important dans le vin, les industries du raisin sec et du raisin de table en Californie.
La maladie de Pierce n'a pas de remède et peut tuer les vignes en aussi peu que deux ans. Trouver un moyen de dissuasion microbien naturel pour X. fastidiosa , l'agent pathogène qui cause la maladie de Pierce, peut avoir un impact positif considérable pour les viticulteurs et sur l'environnement.
Entrez le candidat au doctorat. Elizabeth Deyett, Drs. M. Caroline Roper, Philippe E. Rolshausen, et plusieurs autres chercheurs de l'Université de Californie-Riverside (UCR). Ils ont étudié les communautés microbiennes de la vigne et leurs liens avec la maladie de Pierce du raisin.
Ils ont utilisé le séquençage de nouvelle génération et des outils bioinformatiques modernes pour caractériser les microbiomes bactériens et fongiques vivant dans la vigne. Ils ont analysé des échantillons de vigne présentant des symptômes bénins de la maladie de Pierce, échantillons présentant des symptômes graves, et enfin des échantillons qui ne présentaient aucun symptôme.
Les résultats ont montré que les communautés microbiennes à l'intérieur des vignes étudiées étaient principalement composées de bactéries et de champignons - en particulier de Proteobacteria et Ascomycota - avec Pseudomonodales et Pleosporales, respectivement, comme les principaux ordres bactériens et fongiques.
Leurs données suggèrent également que le regroupement des communautés bactériennes semble être dû à l'abondance de la bactérie. Pseudomonas fluorescens et X. fastidiosa .
"De façon intéressante, nous avons constaté que lorsque le Pseudomonas et Achromobacter espèces étaient présentes, Xylella fastidiosa était en moindre abondance, et les symptômes de la maladie de Pierce étaient moins graves, " a déclaré Rolshausen. "Cela suggère que ces organismes peuvent contribuer à la santé de la vigne et avoir une utilisation potentielle en tant que microbes bénéfiques qui favorisent la santé des plantes ou concurrencent directement l'agent pathogène."
« Cette recherche est hautement interdisciplinaire, impliquant la microbiologie, écologie microbienne, phytopathologie et bioinformatique. Et à travers cette recherche, nous commençons tout juste à comprendre quels sont les microbes, " a déclaré Rolshausen. "Cela nous inspire et, espérons-le, d'autres pour commencer à comprendre la fonction de ces microbiotes résidents."
