Randy Schekman en a un peu marre de parler de ça.

Mais alors, ce pourrait être la dernière fois qu'il doit le faire.

« L'argument en faveur du libre accès est si évident, c'est pénible de devoir le répéter, " dit Schekman, lauréat du prix Nobel 2013 et biologiste de l'UC Berkeley. « Le public paie pour la recherche, et pourtant ils ne peuvent pas lire la recherche. Les médecins n'ont pas accès à la littérature :les start-up biotechnologiques à la pointe de la découverte ne peuvent pas se permettre les licences. »

"Il est évident que c'est ainsi que cela doit être, " il dit.

Sous la pression d'une crise sanitaire mondiale, l'argument en faveur de l'accès libre a fait son chemin. Suite aux appels de l'Organisation mondiale de la santé et des chefs de gouvernement, plus de 150 éditeurs, entreprises, et les instituts de recherche ont accepté de rendre temporairement tout le contenu lié à COVID-19 gratuit à lire, veiller à ce que les efforts pour comprendre le virus puissent se poursuivre sans se décourager.

Le résultat ressemble à la course de relais la plus épique de l'histoire. Douzaines, parfois des centaines, des études sont publiées quotidiennement, avec des queues de citations encerclant le globe. Les mutations génétiques du virus, indices de sa propagation, remplissent les bases de données par milliers. Et une nouvelle culture de partage de données a alimenté la collaboration scientifique comme jamais auparavant.

Alors maintenant, la question est :est-ce le catalyseur qui brise une fois pour toutes les liens d'un ancien modèle d'édition ?

"C'est peut-être la dernière fois que nous parlons d'avoir un accès spécial aux papiers en raison d'une pandémie, " dit Schekman.

Une nouvelle frontière

En dehors des urgences de santé publique, la vitesse à laquelle les découvertes de la recherche font le tour du monde n'est pas si révolutionnaire.

En réalité, après qu'un chercheur a soumis une étude à une revue, cela peut prendre plusieurs mois, voire un an ou plus, pour que le journal voie le jour.

"C'est souvent un processus très lent, " dit Jade Benjamin-Chung, épidémiologiste et conférencier à l'École de santé publique de l'UC Berkeley.

Une fois publié, le contenu est scellé loin de la plupart, disponible uniquement via de lourdes licences de site ou des frais d'environ 30 $ par article. Des membres du public, dont les impôts financent une grande partie de la production scientifique du pays, ne peut voir le matériel qu'après une période d'embargo de six mois à quatre ans, selon la revue.

"C'est une raquette, " dit Schekman.

Les choses sont différentes maintenant, pendant une pandémie. La plupart des grandes revues ont temporairement supprimé les paywalls pour le contenu COVID-19, citant leur engagement à aider la recherche sur la maladie. De nombreux éditeurs accélèrent également le traitement des documents liés à COVID-19.

Toujours, alors que les laboratoires du monde entier produisent des études sur cette maladie, les journaux ne peuvent pas tout à fait suivre. Au lieu, les chercheurs se tournent vers les prépublications :des versions en libre accès des articles de recherche partagées avant la revue ou la publication officielle. Les scientifiques publient leurs manuscrits dans des référentiels ouverts appelés serveurs de préimpression, où d'autres peuvent lire et discuter des résultats.

Les serveurs ont explosé de contenu ces derniers mois. Par Juin, plus de 5, 000 articles sur le virus ont été postés sur les principaux serveurs de biologie et de médecine, bioRxiv et medRxiv (prononcé "bio-archive" et "med-archive").

L'attrait des préimpressions est clair :accès et rapidité. L'accès instantané à la littérature scientifique peut éviter aux chercheurs de répéter inutilement des expériences, par exemple. Mais il y a un hic :les prépublications n'ont pas encore fait l'objet d'un examen par les pairs, le test standard d'une bonne science.

(La plupart des grands serveurs de préimpression ont des mesures de contrôle de la qualité, bien que. Preprints sur bioRxiv et medRxiv, par exemple, sont examinés par des experts en la matière et des membres du personnel, avec des filtres plus stricts pour le contenu COVID-19.)

"Un énorme avantage de la publication rapide de l'information est qu'elle peut informer immédiatement d'autres recherches, " dit Benjamin-Chung. " Mais ce que cela signifie, c'est que si nous allons utiliser une préimpression pour éclairer notre étude, nous devons l'examiner très attentivement nous-mêmes."

Avec son équipe de recherche, Benjamin-Chung s'est penché sur les données sur les tests COVID-19 aux États-Unis et dans d'autres pays, l'application de modèles statistiques pour estimer le nombre de cas précoces aux États-Unis était des tests plus robustes.

L'estimation de son équipe ? Environ neuf fois plus que ce qui a été rapporté, soit environ 6,3 millions d'infections d'ici le 18 avril, selon la préimpression.

« Si nous testons principalement des personnes qui présentent des symptômes, en particulier celles qui sont les plus symptomatiques, nous ne voyons que la pointe de l'iceberg, ", dit Benjamin-Chung. "Il y a probablement beaucoup de transmission qui se passe dans la communauté que nous ne capturons pas."

Le modèle a été informé par de nombreux articles et prépublications, y compris des études qui ont testé au hasard des individus asymptomatiques pour le virus et des études examinant l'exactitude des tests de diagnostic.

« Nous examinons des études du monde entier, " dit-elle. " Et si d'autres chercheurs n'affichaient pas leurs prépublications, nous n'aurions pas pu développer notre modèle aussi rapidement."

Meilleur, plus rapide, plus forte

Lorsqu'il s'agit de moderniser l'édition savante pour une pandémie, bien que, les préimpressions ne sont qu'une partie de l'équation. Il y a un océan de découvertes importantes instantanément disponibles, mais aussi un océan d'études, certaines profondes, certains douteux - à patauger.

Encore ici, le libre accès sera indispensable, disent les chercheurs. Si un goulot d'étranglement majeur dans l'édition est le processus souvent prolongé d'examen par les pairs, la solution ressemble à un réseau mondial de scientifiques tous déployés à la fois.

L'une de ces coalitions est Rapid Reviews :COVID-19, une revue innovante en libre accès récemment lancée par UC Berkeley et le MIT Press. Construit pour trouver un équilibre entre vitesse et rigueur, la revue utilise un logiciel d'apprentissage automatique (développé au Lawrence Berkeley National Laboratory) ainsi qu'une équipe mondiale de volontaires pour rassembler et passer au crible des dizaines de prépublications chaque semaine. Scruter Internet à la recherche d'informations telles que des mentions sur les réseaux sociaux et des rapports universitaires, l'équipe est en mesure d'identifier rapidement les études prometteuses nécessitant un examen.

Au cœur de ce modèle se trouve un accès largement ouvert à la littérature, dit Hildy Fong Baker, rédacteur en chef de la revue.

"Nous voulons avoir un écosystème d'édition qui fonctionne à la fois pour les scientifiques qui mènent des recherches et pour les membres du public qui veulent le comprendre - et qui pourraient avoir une vie meilleure grâce à cela, " dit Boulanger, qui est le directeur exécutif du Center for Global Public Health de l'UC Berkeley et du Center for Global Health Delivery de l'UC Berkeley-UCSF, Diplomatie, et Économie. « L'accès libre en est un élément clé. »

"Nous avons besoin d'accéder à ces serveurs ouverts pour faire ce travail, " dit-elle. " Si nous n'avions pas cela, nous n'aurions rien à revoir."

Même sans journaux, bien que, Internet a constitué sa propre avant-garde virtuelle :le public. Parce que tout est à l'air libre, une sorte de système ad hoc d'évaluation par les pairs a émergé à travers les forums scientifiques et les médias sociaux, repris par les chercheurs du monde entier.

« Si (une étude) présente un intérêt, les gens l'examinent eux-mêmes et commencent à commenter immédiatement, " dit Martyn T. Smith, un professeur de toxicologie à l'UC Berkeley.

Plus tôt cette année, deux prépublications d'Allemagne et de Chine ont révélé comment le virus SARS-CoV-2, qui cause le COVID-19, se lie à une enzyme essentielle à sa réplication—s'insérant dans la forme unique de l'enzyme comme une clé dans une serrure. (Une fois engagé, cette enzyme commence à couper des chaînes du matériel génétique du virus dans de nouveaux virus pour bébés.)

Equipé de ces indices, Smith et d'autres ont testé plus de 2, 500 composés naturels dans une simulation informatique en 3D pour voir si l'un de ces produits chimiques pourrait se lier à l'enzyme à la place, en remplissant le trou de la serrure et en bloquant le virus.

Le but, Smith dit, est d'identifier les aliments naturels et les suppléments qui pourraient apporter un certain soulagement contre le coronavirus en l'absence de médicaments approuvés ou d'un vaccin.

"Nous sommes très intéressés par l'idée de, Qu'est-ce qui explique que les gens ont une certaine sensibilité au virus et d'autres non?", Dit Smith. "Et nous pensons que l'alimentation pourrait jouer un grand rôle."

Finalement, l'étude (pas encore évaluée par des pairs) a révélé que les aliments riches en flavonoïdes, y compris de nombreux légumes, des fruits, et certains thés - peuvent aider à prévenir l'infection. (Plusieurs études récentes sont parvenues à des conclusions similaires.)

Peu de temps après la publication de la préimpression, d'autres chercheurs ont commenté qu'une consommation excessive de composés, même naturels, pouvait être nocive, auquel Smith a rapidement répondu. (L'étude met en garde contre une consommation excessive de flavonoïdes.)

"L'intérêt d'avoir des études publiées comme ça, c'est que les données sont là pour que des personnes qualifiées puissent les évaluer, " dit Schekman. " Ce n'est pas seulement un article de journal, c'est un article accompagné de données. "

« Une mentalité de cow-boy »

Pour tous leurs avantages, les prépublications ont connu une ascension quelque peu lente vers la gloire.

Le premier serveur de préimpression, arXiv, a été lancé en 1991, au Laboratoire national de Los Alamos, en tant que référentiel distant pour les nouveaux travaux en physique. Alors que les prépublications sont depuis longtemps populaires dans les domaines de la physique, math, et informatique, ils n'ont découvert que récemment la biologie et la médecine, avec le lancement de bioRxiv et medRxiv en 2013 et 2019, respectivement.

Cette trajectoire a quelque chose à voir avec la toute-puissante emprise des éditeurs sur l'érudition, Schekman dit – et la demande massive de changement des chercheurs.

"Les journaux avaient une politique d'embargo très forte, " dit Schekman, ancien rédacteur en chef de la revue en libre accès eLife. « Des revues commerciales comme Cellule avaient l'habitude de dire à leurs auteurs que même si vous parlez de ces résultats dans un symposium, nous pouvons retirer le papier de la considération.

"Ils ont été forcés de céder sur ça."

Aujourd'hui, presque toutes les grandes revues autorisent ou, dans certains cas, encourager les chercheurs à publier leurs études sur des serveurs de préimpression avant la publication. De nombreuses revues ont même promis sur leurs sites Web que cela ne nuira pas aux chances de publication d'un article sur toute la ligne.

Depuis, ils ont connu une ascension fulgurante. Selon une étude dans eLife, plus de prépublications ont été publiées sur bioRxiv en 2018 qu'au cours des quatre années précédentes combinées.

Mais la résistance persiste. Même maintenant, certaines revues interdisent le partage avant impression. D'autres sont ambigus quant à leurs politiques.

Habitudes, trop, sont lents à changer, dit Schekman. Pour une chose, les chercheurs ont peur d'être « écopés », de voir leurs expériences et leurs données copiées par d'autres. Un chercheur dans le domaine de Schekman, En réalité, avaient refusé de publier une étude sur le site bioRxiv car cela « donnerait un avantage à leurs concurrents, " se souvient-il.

"(Le chercheur) a voulu retenir les résultats le plus longtemps possible, " dit Schekman. " C'est une attitude, mais c'est celui que je rejette."

« Cela fait partie de la culture – la culture toxique de l'érudition qui favorise l'individu plutôt que la collégialité et la coopération, " poursuit-il. " C'est une mentalité de cow-boy. "

À la fois, Les messages des revues autour des prépublications ont été moins qu'élogieux. En 2016, Émilie Marcus, puis rédacteur en chef de Cellule et PDG de Cell Press, découragé les chercheurs de citer des prépublications, disant que cela soutiendrait un "pseudo-article se faufilant dans la crédibilité par une porte dérobée".

L'effet d'une telle signalisation a été clair et, dans certains cas, paralysant. Selon une étude de 2018 dans la revue en libre accès PLOS Médecine , les prépublications ont considérablement accéléré la diffusion de la recherche lors de l'épidémie de Zika de 2015-2016 et de l'épidémie d'Ebola de 2013-2016. Mais seulement 5 pour cent des articles sur les deux maladies ont d'abord été publiés sous forme de prépublications, l'étude a trouvé.

Des données cruciales ont également été gardées secrètes. Selon un bulletin de l'OMS de 2016, ce sont les "déficiences des mécanismes de partage de données existants" qui ont finalement bloqué les progrès scientifiques sur Ebola. L'OMS a appelé au libre accès aux données de la recherche dans les urgences de santé publique à venir.

"Tu ne peux pas t'asseoir sur ce truc, " dit Ann Glusker, la sociologie de Berkeley, démographie, et bibliothécaire de recherche quantitative et ancien épidémiologiste. "Si vous le mettez là-bas, vous allez informer les autres sur la façon de procéder, et tu vas économiser des milliers, des millions, de vies, potentiellement.

« Même si vous devez toujours garder un œil critique sur les préimpressions, ils sont tout ce que nous avons en ce moment, " dit-elle. " Vous ne pouvez pas simplement faire un pied de nez et dire, 'Oh, les données ne sont tout simplement pas disponibles.'"

"Il y aura une révolution"

Pour Benjamin-Chung, l'épidémiologiste de Berkeley, l'espoir est que la vague actuelle de partage de données ne fera que s'étendre dans un monde post-pandémique.

Tel qu'il est, même les revues ouvertes qui imposent le partage de données ont une conformité faible ou fragile, elle dit, avec les données de recherche retardées, inaccessible, ou totalement absent.

« Tout le monde reconnaît que conserver les données en ce moment ne fera que nous empêcher de progresser sur COVID-19, ", déclare Benjamin-Chung. "Ce que j'aimerais voir après la fin de cette (pandémie), c'est que la façon dont nous partageons les données devienne plus robuste.

"Si vous dites que cet article a vraiment des données ouvertes, J'aimerais qu'un lien pour accéder aux données soit là."

Pour que cela se produise, un changement de paradigme sera de mise, des chercheurs habitués à thésauriser les données aux revues commerciales qui leur ont depuis longtemps donné des raisons de le faire.

Et la pression est sur :la Maison Blanche envisage maintenant une politique pour exiger que toutes les recherches financées par le gouvernement fédéral soient publiées en libre accès, même en dehors des pandémies. (Les éditeurs se sont rassemblés pour protester, écrit une lettre au président Donald Trump avertissant que la politique « mettrait en péril la propriété intellectuelle des organisations américaines » et « nous forcerait à la donner gratuitement au reste du monde ».)

Sans de telles lois, les éditeurs s'éloigneront inévitablement du libre accès une fois que le ciel commencera à s'éclaircir.

Ils vont essayer, au moins.

"J'espère qu'il y aura une révolution quand (les revues) recommenceront à essayer d'obtenir de l'argent pour leur contenu, " dit Glusker. "Mais c'est une autre discussion."