Le protocole commence par le traitement Vortex Fluidic Device (VFD) d'un mélange de protéinase K et du congelé, puis tissu brisé. Le mélange réactionnel est ensuite traité pour éliminer les solides et les inhibiteurs de l'ADN polymérase. L'ADN récupéré est ensuite purifié et concentré. Finalement, l'ADN est amplifié, quantifié, et caractérisé par (B) qPCR et (C) séquençage d'ADN des échantillons. Crédit :PLOS ONE
L'ADN dans des spécimens de musée préservés peut permettre aux scientifiques d'explorer l'histoire des espèces et l'impact des sciences humaines sur l'écosystème, mais les échantillons sont généralement conservés dans du formaldéhyde, ce qui peut endommager l'ADN et rendre très difficile la récupération.
Les chercheurs ont utilisé un dispositif fluidique à vortex (VFD) pour accélérer l'extraction d'ADN d'un homard américain conservé dans du formaldéhyde, les résultats fournissant une feuille de route pour explorer l'ADN de millions d'espèces précieuses et même éteintes dans les musées du monde entier.
Jessica Phillips, candidate au doctorat à Flinders, a déclaré que le traitement des tissus conservés à partir de spécimens de musée dans le VFD brise les protéines, libérant de l'ADN qui offre d'importantes informations génétiques historiques.
"L'extraction de l'ADN est réalisée en traitant le tissu préservé dans une solution enzymatique dans le VFD. Cette enzyme sépare les protéines, libérant l'ADN qui peut être analysé. En utilisant le VFD, nous sommes en mesure d'accélérer ce processus de quelques jours à quelques heures, " dit Mme Phillips.
"Pendant 150 ans, ces échantillons ont été conservés dans du formaldéhyde, ce qui peut endommager l'ADN et rendre l'ADN difficile à récupérer. Nous avons utilisé de l'énergie mécanique dans un dispositif fluidique à vortex (VFD) pour accélérer l'extraction en traitant le tissu préservé dans une solution enzymatique dans le VFD."
Ce travail est une collaboration entre l'Université de Californie, Irvine (UCI), Le Département de biologie organique et évolutive de l'Université Harvard, et l'Université Flinders.
Jessica Phillips avec Vortex Fluidic Device à l'Université Flinders. Crédit :Université Flinders
Les chercheurs disent que les résultats fournissent une feuille de route pour explorer l'ADN de millions d'espèces historiques et même éteintes dans les musées du monde entier.
Le professeur Colin Raston, titulaire de la chaire de recherche en recherche sur les technologies propres, affirme que le travail s'appuie sur le corps d'environ 80 articles que son groupe de recherche a publiés sur le dispositif fluidique à vortex.
« Les applications du VFD se développent rapidement, mais cela n'a été possible que par une collaboration interne. L'application d'extraction d'ADN impliquait une collaboration avec deux autres laboratoires de recherche dirigés par le professeur Greg Weiss à l'UCI et le professeur Peter Girguis à Harvard."
"Nous n'avons fait qu'effleurer la surface de ce qui est possible pour cet appareil, " dit le professeur Raston."
