Cependant, il y a un débat à ce sujet:
* Manque de preuves définitives: Il n'y a pas de documentation survivante du microscope de Janssen, et les informations sur son invention proviennent de sources secondaires.
* Autres prétendants: Certains historiens suggèrent que Cornelis Drebbel, un inventeur néerlandais, pourrait avoir développé un microscope similaire indépendamment à peu près au même moment.
Par conséquent, bien que Janssen soit souvent crédité de l'invention du microscope composé, il est important de se rappeler que les origines et la chronologie exactes restent quelque peu incertaines.