Les tempêtes se forment lorsque la Lune est la plus proche de Jupiter. L'interaction du faible champ magnétique de Ganymède avec le puissant champ magnétique de Jupiter peut créer des décharges électriques et des éclairs, qui peuvent réchauffer l'atmosphère et entraîner les vents. Ces vents peuvent atteindre des vitesses supérieures à 100 kilomètres par heure et provoquer la formation de nuages visibles.
Les tempêtes de Ganymède sont beaucoup plus petites et moins fréquentes que celles sur Terre ou Jupiter. Ils sont également plus localisés, se produisant principalement près des pôles lunaires. Cependant, ils prouvent que Ganymède est un monde dynamique avec une atmosphère active.