Bien que l'on sache que les pygargues à tête blanche ont un régime alimentaire diversifié, rien ne prouve qu'ils se nourrissent de manière significative de chiens de prairie dans les Grandes Plaines ou dans toute autre région. Les pygargues à tête blanche se nourrissent principalement de poissons, de sauvagine et d'autres proies aquatiques, et la composition de leur régime alimentaire varie en fonction de l'habitat et des ressources alimentaires disponibles. Bien que les pygargues à tête blanche puissent occasionnellement consommer de petits mammifères, tels que des rongeurs, comme mangeurs opportunistes, les chiens de prairie ne font généralement pas partie de leur régime alimentaire habituel ni ne constituent une source de nourriture principale.