Les scientifiques de l'Université Rice ont publié les premiers résultats d'un vaste échantillonnage de l'eau à Houston après les inondations épiques causées par l'ouragan Harvey. Ils ont découvert une contamination généralisée par E. coli , probablement le résultat du débordement des usines de traitement des eaux usées inondées.

L'enquête microbienne a montré des niveaux élevés de E. coli , un organisme indicateur fécal, piégés dans des maisons qui contenaient encore de l'eau stagnante des semaines après la tempête, ainsi que des niveaux élevés de gènes clés qui indiquent une résistance aux antibiotiques.

L'étude menée par l'ingénieure en environnement de Rice Lauren Stadler apparaît dans le journal de l'American Chemical Society Lettres sur les sciences et technologies de l'environnement . Une paire de subventions RAPID de la National Science Foundation a aidé l'équipe à collecter et analyser des échantillons.

Ingénieurs en environnement riz Stadler, Qilin Li et Pedro Alvarez et leurs étudiants étaient en première ligne, avant même qu'Harvey ne s'apaise, de prélever des échantillons dans les eaux de crue à proximité des bayous de Brays et Buffalo qui débordent, dans les espaces publics et à l'intérieur et à l'extérieur des maisons d'habitation pour comparer leur contenu microbien. Des échantillons d'eau stagnante ont été prélevés dans des maisons fermées depuis plus d'une semaine, tandis que d'autres ont été prélevés dans des maisons traversées par des eaux de crue.

Les premiers échantillons de chaque emplacement présentaient des niveaux élevés de E. coli . Mais le plus frappant était le fait que l'eau échantillonnée et, plus tard, les sédiments ont montré des niveaux abondants de deux gènes indicateurs, sul1 et intI1, qui marquent la présence de bactéries résistantes aux antibiotiques, même des semaines après le déluge. En particulier, les échantillons des eaux de crue à l'intérieur des maisons fermées ont montré que les concentrations de sul1 étaient 250 fois plus élevées et intI1 60 fois plus élevées que dans les échantillons de bayou.

"Sul1 est un gène qui confère une résistance aux antibiotiques sulfamides, " dit Stadler, professeur assistant en génie civil et environnemental. "IntI1 n'est pas un gène de résistance aux antibiotiques, mais un gène intégron-intégrase qui code pour un système de capture et de dissémination de gènes et peut conduire à la propagation de gènes résistants aux antibiotiques parmi les bactéries. De nombreux gènes résistants aux antibiotiques sont présents ou associés à des éléments génétiques mobiles tels que des plasmides qui peuvent être partagés entre les bactéries.

"Nous ciblons intI1 car les intégrons se trouvent souvent sur des éléments génétiques mobiles et indiquent la mobilité génétique d'un gène, " dit-elle. " Ils sont aussi souvent associés à la résistance aux antibiotiques, et l'abondance de ces gènes nous donne une idée du potentiel de transfert horizontal de gènes parmi les bactéries.

"C'est important parce que même si nous voyons ces gènes dans les bactéries environnementales tout le temps, nous nous inquiétons vraiment lorsque des bactéries pathogènes acquièrent des gènes résistants à partir de bactéries environnementales, " Stadler a déclaré. "C'est quand il y a un problème, quand il y a un agent pathogène résistant aux antibiotiques. Si vous êtes exposé à l'un d'entre eux, c'est à ce moment-là que vous voyez des infections vraiment difficiles à traiter."

La conclusion immédiate de l'étude, elle a dit, est que les gens doivent prendre des précautions supplémentaires pour éviter tout contact direct avec les eaux de crue stagnantes, en particulier dans les maisons inondées avec des niches pour la croissance des agents pathogènes.

« Portez un équipement de protection, et n'entrez pas du tout si vous êtes immunodéprimé ou avez des plaies ouvertes, " elle a dit.

Le groupe de recherche de Stadler utilise l'expérience acquise au cours de Harvey pour faire progresser le développement d'outils permettant de mesurer le transfert horizontal de gènes au fur et à mesure qu'il se déroule dans l'environnement.