Les champignons sont un groupe de microorganismes classés dans un royaume séparé des plantes et des animaux. Ils sont abondamment trouvés dans une foule d'environnements et vivent une existence indépendante, dépendante (parasitaire) ou mutuellement bénéfique. Les champignons sont vitaux pour maintenir le bon fonctionnement de l'écosystème en décomposant les matières mortes et en libérant des nutriments vitaux dans le sol et l'atmosphère.

Champignons saprophytes

Les champignons saprophytes (ou décomposeurs) constituent le groupe le plus important champignons terricoles. Ils convertissent les matières mortes et /ou en décomposition en acides organiques, en dioxyde de carbone et en biomasse fongique (ou leur propre corps). Ils décomposent la matière organique dure, comme le bois, en consommant ses nutriments et en l'immobilisant dans le sol. Les champignons saprophytes sont capables de décomposer la cellulose, la lignine (dont la dégradation libère du carbone essentiel utilisé par de nombreux organismes) et les protéines. Ils sont généralement trouvés autour des animaux morts, des insectes, des feuilles et des arbres tombés. Des exemples de champignons saprophytes comprennent Pleurotus ostreatus (champignons pleurotes), Lentinula edodes (shiitake) et Stropharia rugosoannulata (roi Stropharia).

Mutualists Fungi

Les mutualistes sont un groupe de champignons qui forment des relations mutuellement bénéfiques (relations bénéfiques pour les deux espèces) avec les plantes. Ils se développent généralement sur les racines des plantes et les aident à obtenir des nutriments (tels que le phosphore) du sol. Les champignons mycorhiziens sont un groupe de mutualistes qui poussent dans les racines des plantes. Il y a quatre groupes principaux de champignons mycorhiziens, y compris l'orchidée, l'éricoïde, l'ectomycorhizien et l'arbusculaire. Près de 90 pour cent de toutes les plantes forment des associations mutuellement bénéfiques avec les champignons mycorhiziens. Des exemples de mutualistes comprennent les champignons des familles Zygomycota et Basidiomycota.
<2> Champignons pathogènes

Les champignons pathogènes envahissent une plante hôte et décomposent sa matière vivante. Ils dépouillent leurs hôtes de nutriments vitaux, ce qui affaiblit la plante et finit par en mourir. Les champignons pathogènes pénètrent dans une plante soit par sa peau externe (épiderme), soit par sa croissance dans ses stomates (trous respiratoires). Ils infectent une plante et la font mourir, ou lui permettent de vivre en volant des nutriments vitaux de la plante vivante. Les maladies des plantes causées par les champignons du sol comprennent la pourriture du fond, la tache noire, le chancre, la rouille, la maladie de Rhizoctinia, la pourriture des racines et la gale verruqueuse. Les champignons pathogènes du sol se trouvent généralement au début de la saison de culture. Des exemples de champignons pathogènes comprennent Pythium, Rhizoctonia, Phytophthora et Verticillium.