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  • Un nouveau logiciel vise à rendre la science plus reproductible

    Le professeur CMU John Kitchin a créé SCIMAX :un logiciel spécialement conçu pour la rédaction de rapports scientifiques. Crédit :Université Carnegie Mellon

    Chaque domaine de la science et de l'ingénierie emploie des équipements hautement spécialisés :analyseurs de surface, nanosizers, enregistrement des osmomètres à membrane. Cet équipement est souvent incroyablement spécifique, conçu pour une seule fonction, mais c'est essentiel pour une performance précise, recherche reproductible. Et sans la possibilité de reproduire les recherches d'autres scientifiques, la validité de la science elle-même s'effondre.

    Mais si tout le monde s'accorde sur la nécessité d'un équipement spécialisé dans la recherche, le même état d'esprit ne devrait-il pas s'appliquer à tous les aspects du processus scientifique ? Pourquoi est-ce, alors, que lors de la rédaction de rapports scientifiques, la plupart des chercheurs utilisent toujours le même programme fourni avec leur premier ordinateur ?

    "La plupart des gens écrivent leurs papiers dans Word, ce qui n'est pas un bon environnement de publication scientifique, " dit John Kitchin, professeur de génie chimique à l'Université Carnegie Mellon. "Par exemple, Word n'a aucun moyen d'enregistrer vos données au fur et à mesure ou d'enregistrer exactement comment elles ont été analysées. Il n'est pas pratique de voir d'où proviennent les données d'un chiffre. Ainsi, lorsque les chercheurs préparent leur fichier d'informations à l'appui, qui contient une grande partie des données et des analyses qui expliquent exactement comment l'étude a été menée, ils sont obligés de reconstituer ce qu'ils pensent avoir fait de mémoire. »

    Cuisine, dont les recherches portent principalement sur le développement de logiciels pour la modélisation des matériaux et la résolution de problèmes en ingénierie, a vu cette tendance malheureuse dans sa propre rédaction de rapport scientifique, et a décidé de faire quelque chose à ce sujet. C'est pourquoi il a créé SCIMAX :un logiciel spécialement conçu pour la rédaction de rapports scientifiques.

    SCIMAX est une source ouverte, programme entièrement intégré qui combine la fonction de Word, à savoir, la partie narrative du rapport, avec tout ce dont on pourrait avoir besoin lors de la rédaction d'un document de recherche. Les données, le code, la bibliographie - il y a une place dans le programme pour tout, déjà parfaitement formaté et prêt à être saisi. Et c'est la clé, parce que faire ces choses dans d'autres programmes entraîne souvent de graves problèmes.

    "J'ai vu un article où l'auteur avait copié son code MATLAB dans Word, " Kitchin a dit. " Même cela est mieux que ce que beaucoup de gens font. Mais parce qu'ils l'ont copié et ne l'ont pas exécuté à partir de Word, ils ont oublié de copier deux des fichiers dont vous avez besoin pour l'exécuter. Alors soudain, le code dans l'article - le même code qu'ils prétendent être ce qui les a aidés à mener leur étude - ne fonctionne pas du tout."

    Cela peut ressembler à de la sémantique, que vous utilisiez un programme ou un autre pour rédiger vos rapports, mais selon Kitchin, cela a des implications étendues pour l'intégrité de la science.

    "Alors quand j'écris un article, Je peux vous dire dans le journal que j'ai fait quelque chose, et je peux vous dire que cela a fonctionné, " a déclaré Kitchin. " Mais sans l'ensemble de données précis, et dans de nombreux cas, le code réel utilisé pour l'analyser, il n'y a aucun moyen pour vous de prendre le papier et de reproduire mon travail. Et c'est un échec fondamental de notre part."

    Selon Kitchin, c'est le véritable objectif de SCIMAX, non seulement de faciliter la rédaction de rapports, mais pour augmenter le niveau d'intégrité dans la recherche scientifique en augmentant la réplicabilité. Plus les équipes de recherche qui adoptent le logiciel sont nombreuses, plus leurs rapports seront précis et plus les autres pourront s'appuyer sur et réutiliser nos recherches scientifiques pour résoudre les problèmes majeurs qui affectent notre monde.


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