Les chercheurs comparent cette époque des données morphologiques à la révolution des données génomiques des années 1990 et du début des années 2000. À ce moment-là, le projet du génome humain et d'autres projets de séquençage du génome étaient en cours, et les chercheurs ont soudainement eu accès à une abondance de nouvelles données sur l'ADN, chromosomiques, nucléotides, et de nombreux autres types de matériel génétique. Pour faciliter l'utilisation de toutes ces données, des navigateurs informatiques ont été développés, tels que le navigateur d'épigénome WashU et le navigateur de génome UCSC. MorphoNet se veut analogue à ces navigateurs génomiques pour les données morphologiques.

MorphoNet fonctionne sur des navigateurs Internet standards et offre deux types d'accès :les utilisateurs non enregistrés peuvent accéder aux jeux de données publics et n'ont que des droits de visualisation, considérant que les utilisateurs enregistrés ont des droits supplémentaires, telles que la possibilité de télécharger et de télécharger des données. Comme les données morphologiques ont de nombreux formats différents, les chercheurs ont créé un format générique afin que toutes les données téléchargées soient dupliquées dans ce format standard, tandis que la copie originale reste également sur le serveur. Le format standard permet la structure de réseau interdisciplinaire, dans lequel les utilisateurs peuvent intégrer des données de plusieurs ensembles de données et explorer les résultats.

Certaines des fonctionnalités de MorphoNet incluent la possibilité de regrouper des objets de différents ensembles de données pour créer des structures d'ordre supérieur, tels que les organes; regrouper les objets selon leur ascendance temporelle, comme pour le suivi des lignées cellulaires; masquer des objets ou les rendre partiellement transparents, permettre aux utilisateurs de « voir à travers » l'anatomie d'un corps humain ou d'un autre organisme ; projeter de nouvelles données quantitatives et qualitatives sur des images sous forme d'étiquettes ou de cartes thermiques ; superposer des modèles d'expression de gènes sur des images, reliant ainsi les informations génétiques et morphologiques; et calculer certaines propriétés statistiques des aspects quantitatifs des données morphologiques.

L'un des plus grands défis de la création d'un navigateur morphologique était de compresser la quantité massive de données pour permettre sa visualisation et son interaction. Pour faire ça, les images sont compressées en maillages surfaciques, qui sont rendus à l'aide du moteur de jeu Unity3D qui s'exécute sur les navigateurs Internet standard. Aussi, tandis que des calculs simples peuvent être effectués directement sur le serveur, des calculs plus complexes peuvent être effectués en externe en téléchargeant tous les calculs basés sur Python ou ImageJ sur le serveur MorphoNet.