Le doux, les patates douces orange féculentes sont des ingrédients savoureux et nutritifs pour les frites, gratins et tartes. Bien que les humains cultivent des patates douces depuis des milliers d'années, les scientifiques ne savent toujours pas grand-chose sur la composition protéique de ces tubercules. Dans ACS' Journal de recherche sur le protéome , des chercheurs ont analysé le protéome des feuilles et des racines de patate douce, et dans le processus, ont révélé de nouvelles connaissances sur le génome de la plante.

La patate douce ( Ipomoea batatas , Lam.) est un aliment de base dans certaines parties du monde, en plus d'être utilisé pour l'alimentation animale et les produits industriels, comme les biocarburants. La plante a un génome étonnamment complexe, codant plus de gènes prédits que le génome humain. La patate douce a également une composition chimique complexe, avec une faible teneur en protéines dans les racines (la partie que les gens mangent) et de nombreux métabolites secondaires dans les feuilles, rendant difficile l'extraction de quantités suffisantes de protéines pour l'analyse. Sorina et George Popescu et leurs collègues voulaient voir si une approche de « protéogénomique » – en analysant à la fois les données protéiques et génétiques – pourrait les aider à mieux comprendre la composition des racines et des feuilles de patate douce.

L'équipe a extrait des protéines d'échantillons de racines et de feuilles à l'aide de deux méthodes différentes et les a découpées en peptides, qu'ils ont analysés par chromatographie liquide et spectrométrie de masse. Les chercheurs ont identifié 3, 143 protéines uniques de feuilles de patate douce et 2, 928 des racines. Lorsqu'ils ont comparé les données protéomiques avec le génome de la patate douce, ils ont identifié certaines régions dans la séquence du génome publiée où leurs données pourraient fournir des informations améliorées. Par exemple, l'analyse a prédit 741 nouvelles régions codant pour des protéines qui auparavant n'étaient pas considérées comme des gènes. Le groupe affirme que les résultats pourraient être utilisés pour aider à caractériser davantage et à biofortifier le tubercule.