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Alors que la population humaine dépasse les 7 milliards, les micro-organismes – bactéries, champignons, archées et autres – sont omniprésents dans pratiquement tous les environnements de la Terre. Leur omniprésence n'est pas seulement une question de distribution mais de résilience et d'adaptation.
En termes microbiologiques, l'ubiquité signifie qu'un organisme ou un groupe donné peut être trouvé dans divers habitats, de la peau humaine aux sources hydrothermales les plus chaudes. Cette présence généralisée souligne l'importance écologique des microbes.
Seulement 3 % environ des espèces bactériennes sont pathogènes. Les 97 % restants forment une communauté protectrice et bénéfique. Le corps humain héberge environ 100 000 milliards de cellules bactériennes, dont la plupart résident sur la peau et dans le tractus gastro-intestinal. Ces commensaux produisent des peptides antimicrobiens qui supplantent les pathogènes potentiels et, dans l'intestin, facilitent la digestion, synthétisent les vitamines et modulent le système immunitaire.
À la fin des années 1970, les scientifiques se sont rendu compte que certains organismes auparavant classés comme bactéries constituaient en fait un domaine distinct :les archées. Ces microbes prospèrent dans des environnements qui dénatureraient les protéines bactériennes typiques, tels que les sources hydrothermales dépassant 212°F, les sources chaudes de Yellowstone et les réservoirs de pétrole souterrains. Les archées dominent également le microbiote ruminal des ruminants, produisant du méthane comme sous-produit.
Les micro-organismes endolithiques – bactéries, champignons et archées – colonisent l’intérieur des roches et des grains minéraux. On les trouve aussi bien au-dessus qu’au-dessous de la surface de la Terre. Certains sont autotrophes et tirent leur énergie de substrats inorganiques, tandis que d'autres vivent dans la biosphère profonde, à des kilomètres sous le fond océanique, où la lumière, l'oxygène et la température sont extrêmes.
Dans les années 1990, des spores bactériennes ont été extraites d’abeilles conservées dans de l’ambre vieux de 30 millions d’années. Des chercheurs de la California Polytechnic State University ont réussi à relancer les spores, démontrant une activité métabolique après une incubation prolongée. Cependant, des études ultérieures ont soulevé des inquiétudes quant à une contamination potentielle par des bactéries modernes, soulignant les défis de l'interprétation de la microbiologie ancienne.
Ces exemples illustrent que les micro-organismes sont non seulement partout, mais qu'ils s'adaptent également aux niches les plus hostiles, jouant un rôle essentiel dans les cycles biogéochimiques de la Terre et dans la santé humaine.