Il est considéré comme le père de la taxonomie, la science de la classification des organismes. Son système, connu sous le nom de taxonomie linnéaire, utilise un système hiérarchique de classification, avec des organismes regroupés en catégories de plus en plus spécifiques:
* royaume
* phylum
* classe
* Ordre
* famille
* genre
* espèces
Le travail de Linnaeus a été révolutionnaire pour son temps et a jeté les bases d'une classification biologique moderne.