1. Modifications post-traductionnelles limitées: Les bactéries n'ont pas la machinerie complexe trouvée dans les cellules eucaryotes pour les modifications post-traductionnelles (PTM). Ces modifications, telles que la phosphorylation, la glycosylation et l'acétylation, sont cruciales pour le pliage, la stabilité et la fonction appropriés de nombreuses protéines. Cette limitation peut entraver la production de protéines qui nécessitent ces modifications pour l'activité.

2. potentiel de toxicité: Certaines protéines, en particulier celles ayant des propriétés cytotoxiques ou immunogènes, peuvent être préjudiciables aux cellules hôtes bactériennes lorsqu'elles sont exprimées à des niveaux élevés. Cela peut entraîner une réduction de la production de protéines ou même une mort cellulaire, ce qui rend difficile d'obtenir de grandes quantités de la protéine souhaitée.

Ces limitations ne sont pas insurmontables, mais elles doivent être prises en compte lors de la conception et de la mise en œuvre de systèmes d'expression des gènes bactériens.