1. ascomycota: Il s'agit du plus grand phylum de champignons, contenant plus de 64 000 espèces. Les ascomycètes sont caractérisés par leur production de spores dans des structures de type sac appelé ASCI. Les exemples incluent les levures, les truffes et les morilles.

2. Basidiomycota: Ce phylum contient environ 30 000 espèces, notamment des champignons, des crapauds, des bouffés et des champignons d'étagère. Les basidiomycètes se distinguent par leurs structures de reproduction en forme de club appelé Basidia.

3. Zygomycota: Ce phylum contient environ 1 000 espèces, y compris des moules à pain et certains champignons du sol. Les zygomycètes se reproduisent sexuellement en formant un zygospore à parois épais.

4. gloméromycota: Ce phylum ne contient qu'environ 200 espèces, mais elles sont incroyablement importantes pour leurs relations symbiotiques avec les plantes. Les gloméromycètes forment des mycorhizes arbusculaires, qui aident les plantes à absorber les nutriments du sol.

Bien que ce soient les quatre phyla principaux, il est important de noter que la taxonomie fongique évolue toujours. Certains scientifiques suggèrent un cinquième phylum majeur, chytridiomycota , qui comprend principalement des champignons aquatiques.