Alors que de nombreux organites membraneux sont interconnectés (comme le réticulum endoplasmique et l'appareil de Golgi) ou communiquent via des vésicules (comme les Golgi aux lysosomes), il existe deux organites clés qui se distinguent comme indépendants :
1. peroxysomes: Ces petits organites sphériques sont impliqués dans la dégradation et la détoxification des acides gras. Ils ont leur propre ensemble d'enzymes uniques et sont censés se former par l'auto-réplication (et non en herbe des autres organites).
2. mitochondrie: Ces organites puissants responsables de la respiration cellulaire ont leur propre ADN et auraient originaire de bactéries anciennes qui ont été incorporées dans les cellules eucaryotes. Ils se reproduisent indépendamment par la fission binaire.
Remarque importante: Il y a encore des recherches actives sur le potentiel d'un certain niveau de communication ou d'interaction entre les peroxysomes et autres organites. Cependant, par rapport au réseau interconnecté du système endomembrane, ils sont généralement considérés comme plus isolés.