Alors que d'autres, comme Francesco Redi, avaient contribué à réfuter la théorie, la célèbre expérience de balle de cygne de Pasteur a fourni des preuves solides et concluantes contre la génération spontanée. Il a démontré que le bouillon stérile resterait stérile même lorsqu'il était exposé à l'air, tant que l'air était filtré pour empêcher l'entrée de micro-organismes. Cela a prouvé que les organismes vivants ne pouvaient provenir que d'autres organismes vivants, et non spontanément de la matière non vivante.