Voici pourquoi:
* bactéries gram-positives avoir une couche de peptidoglycane épaisse dans leur paroi cellulaire. Cette couche piège le colorant violet cristal utilisé dans le processus de coloration, faisant apparaître les bactéries violet.
* bactéries à Gram négatif Ayez une couche de peptidoglycane plus mince et une membrane externe. La couche de peptidoglycane plus mince ne conserve pas également le colorant violet de cristal, il est donc emporté pendant l'étape de décoloration. Cependant, ces bactéries prennent ensuite le contre-collage (safranin), ce qui les fait paraître roses.
Par conséquent, la technique de coloration du Gram différencie les bactéries en fonction de leur structure de paroi cellulaire, en particulier l'épaisseur de la couche peptidoglycane.