En biologie moléculaire, un bon choix de tampon et une bonne préparation pour différentes étapes d'isolement de l'ADN peuvent faire la différence entre passer à l'expression des protéines ou ouvrir un autre kit maxi-prep pour recommencer. Malgré leur importance cruciale, les recettes tampons ne sont souvent que des recettes écrites sans explication ni justification pour les différents composants. Un de ces tampons est le glucose-tris-EDTA ou le tampon GTE.
À quoi sert le GTE?

Le GTE est utilisé pour remettre en suspension les culots de cellules bactériennes avant de lyser (casser) les cellules et de récolter l'ADN plasmidique à l'intérieur. Le lysozyme, qui adoucit les membranes cellulaires, est souvent ajouté avec le tampon GTE. L'obtention d'une suspension homogène de cellules entières au cours de cette étape afin que la solution de lyse ajoutée par la suite puisse atteindre toutes les cellules est la clé pour obtenir de bons rendements en ADN. Le GTE est conçu pour ce faire tout en fournissant un environnement stable pour l'ADN.
Glucose pour l'osmolarité

Du sucre glucose 50 mM (millimolaire) est ajouté au tampon GTE pour maintenir l'osmolarité là où la concentration de soluté à l'extérieur des cellules est proche de celle à l'intérieur des cellules. Cela empêche la lyse prématurée des cellules, ce qui peut entraîner des rendements d'ADN inférieurs en raison de l'agrégation et de la dégradation. Les autres composants du tampon contribuent également à l'osmolarité de la solution, mais le glucose, étant non électrolyte, est un bon choix car il n'interfère pas avec les propriétés du tampon de la solution.
Tris for pH Stability

Tris est le nom abrégé du tris (hydroxyméthyl) aminométhane, qui est un tampon de pH très courant. Dans le cas du tampon GTE, le sel d'acide (Tris-HCl) est ajouté au tampon à une concentration de 25 mM. Cela maintient le pH de la solution à un niveau quasi physiologique de 8,0, un pH idéal pour prévenir l'hydrolyse acide (dégradation) de l'ADN plasmidique et les réactions secondaires indésirables des autres composants cellulaires.
L'EDTA prévient la dégradation de l'ADN

L'EDTA, ou acide éthylènediaminetétraacétique, capture ou "chélate" les ions métalliques hors de la solution, les empêchant de participer à des réactions secondaires indésirables. Dans du tampon GTE, de l'EDTA est ajouté à 10 mM. Son but principal est dans le tampon d'arrondir le zinc, le magnésium et le calcium libres, empêchant ainsi la dégradation de l'ADN par certaines voies qui nécessitent ces métaux.
Quelques conseils importants

Gardez votre tampon GTE froid et faites-le en petites quantités pour empêcher la croissance de bactéries involontaires. Le sucre et le pH contrôlé constituent un excellent milieu de croissance. Utilisez toujours de l'eau purifiée. L'eau du robinet peut avoir un excès d'ions métalliques provenant des tuyaux, ce qui peut dépasser la capacité de l'EDTA à capter. Si vous soupçonnez la présence d'ARN interférant dans votre échantillon, ajoutez de la RNase A à 100 microgrammes par millilitre à votre tampon GTE pour éliminer le problème.