Il existe différentes familles de protéases qui ont différentes spécificités de substrat et sont optimales à différents pH et salinité. Certains des principaux types de protéases sont les suivants :
- Pepsine
- Trypsine
- Chymotrypsine
- Élastase
- Cathepsine
- Carboxypeptidase
- Aminopeptidase