Il n'y avait pas que deux royaumes. Lorsque Linné proposa son système à deux royaumes au XVIIIe siècle, il y avait en réalité trois royaumes :Animalia, Plantae et Mineralia. Les protistes ne sont devenus un royaume distinct qu'à la fin du XIXe siècle, lorsqu'Ernst Haeckel a proposé un système à trois royaumes comprenant Protista, Animalia et Plantae.