La partie d’une enzyme qui se lie au substrat est appelée site actif. Le site actif est une région spécifique de l’enzyme chargée de catalyser la réaction chimique effectuée par l’enzyme. Le site actif contient des résidus d'acides aminés qui interagissent avec le substrat et facilitent la réaction. Ces résidus d'acides aminés sont disposés de manière spécifique pour créer une poche ou une fente complémentaire au substrat. Le substrat se lie au site actif par divers types d'interactions telles que la liaison hydrogène, la liaison ionique, les forces de Van der Waals et les interactions hydrophobes. La liaison du substrat au site actif induit des changements conformationnels dans l'enzyme, qui rapprochent les groupes catalytiques de l'enzyme du substrat. Cela permet à l'enzyme de catalyser la réaction chimique et de convertir le substrat en produits.