L'absence d'enveloppe nucléaire chez les procaryotes n'empêche pas la cellule de contrôler l'expression des gènes en modifiant l'ARN après transcription. Les procaryotes disposent de plusieurs mécanismes pour contrôler l'expression des gènes au niveau de l'ARN, notamment l'édition de l'ARN, le contrôle de la stabilité de l'ARN et la régulation de la traduction. Par exemple, les riboswitches sont des séquences d'ARN régulatrices qui peuvent se lier à de petites molécules et contrôler l'expression des gènes en modifiant la structure de la molécule d'ARN et en affectant sa traduction. De plus, les systèmes CRISPR-Cas utilisent des nucléases guidées par l'ARN pour modifier ou cliver des molécules d'ARN, fournissant ainsi un autre mécanisme de contrôle de l'expression des gènes chez les procaryotes.