La publication de la séquence génomique du baril medic (Medicago truncatula) ouvre la voie à des analyses génomiques comparatives abordant la diversification évolutive des composants essentiels de l'endosymbiose des racines des plantes. Nos analyses phylogénétiques et d'évolution des familles génétiques suggèrent l'émergence indépendante de gènes essentiels à l'établissement de la symbiose rhizobium-légumineuse à partir de fonctions ancestrales. La plupart de ces gènes « innovants » ont des homologues chez la dicotylédone non légumineuse Arabidopsis thaliana et peuvent donc représenter des adaptations évolutives plutôt que des nouveautés strictement limitées à l'association Rhizobiales-légumineuses. En revanche, les membres d’une famille de gènes essentiels de symbiose ont été identifiés uniquement chez les eudicots et les légumineuses impliqués dans les interactions rhizobiennes, ce qui indique leur coévolution au sein de ces lignées. Nos analyses révèlent le rôle d'une « boîte à outils » génomique contenant à la fois des composants génétiques nouvellement recrutés et de longue date de l'endosymbiose végétale, qui jette un nouvel éclairage sur les bases évolutives et génétiques de l'adaptation des légumineuses aux conditions de la rhizosphère.