Recueillir des données :Collectez des données sur les séquences d'ADN ou de protéines d'un groupe diversifié d'organismes, y compris les organismes d'intérêt et certains sous-groupes à des fins de comparaison.
Alignement de séquences multiples :Alignez les séquences pour créer un alignement de plusieurs séquences. Cet alignement doit tenir compte de l’ordre et de la similitude des nucléotides ou des acides aminés.
Sélectionnez une méthode de création d'arborescence : Choisissez une méthode de construction d'arbres phylogénétiques, telle que la vraisemblance maximale, la jonction de voisins ou l'inférence bayésienne. Chaque méthode utilise différents algorithmes et approches statistiques pour calculer les relations évolutives.
Construire l'arbre :Utilisez la méthode sélectionnée pour construire l'arbre évolutif. Le résultat sera généralement un diagramme ou un cladogramme représentant les schémas de ramification et les relations évolutives entre les organismes étudiés.
Analyse bootstrap (facultatif) :Effectuez un bootstrapping pour évaluer le support statistique des modèles de branchement dans l'arborescence. L'analyse bootstrap rééchantillonne à plusieurs reprises les données pour créer plusieurs arbres, fournissant des valeurs de confiance statistique (c'est-à-dire des valeurs bootstrap) pour chaque branche.
Enraciner l'arbre :Identifiez et précisez la racine de l’arbre. Il s'agit généralement d'un nœud ancestral ou d'un groupe externe qui représente l'ancêtre commun le plus récent de tous les organismes de l'arbre.
Interpréter l'arbre :Analysez les modèles et les longueurs de branchement pour déduire les relations évolutives, les temps de divergence et les ancêtres communs potentiels. Identifiez les clades (groupes d’organismes partageant un ancêtre commun) et l’histoire évolutive des espèces étudiées.
Affiner l'arborescence (facultatif) :Si des données supplémentaires deviennent disponibles ou si différents paramètres sont utilisés, l'arbre peut être affiné ou mis à jour pour améliorer sa précision et sa résolution.
