1. Séquençage du génome viral :
- Les scientifiques séquencent l'intégralité du génome viral des échantillons de COVID-19 collectés auprès des patients.
- Des technologies de séquençage à haut débit, telles que le séquençage de nouvelle génération (NGS), sont utilisées pour déterminer la séquence génétique du virus.
- Cela permet une compréhension complète du génome viral et identifie les mutations, insertions ou délétions spécifiques qui ont pu se produire.
2. Analyse phylogénétique :
- L'analyse phylogénétique consiste à construire des arbres évolutifs basés sur des séquences du génome viral.
- En comparant les séquences génétiques de différents échantillons de COVID-19, les scientifiques peuvent déterminer le lien de parenté et l'histoire évolutive du virus.
- Cela aide à retracer les origines géographiques et les voies de transmission du virus.
3. Identification des variantes :
- À mesure que le virus COVID-19 évolue, de nouvelles variantes génétiques apparaissent.
- Les scientifiques surveillent en permanence ces variantes en comparant les séquences du génome viral avec la séquence de référence du SARS-CoV-2 original.
- Les variantes présentant des changements significatifs ou un impact potentiel sur le comportement, la transmissibilité ou la réponse immunitaire du virus sont désignées comme « variantes préoccupantes » (VOC) ou « variantes d'intérêt » (VOI) pour une enquête plus approfondie.
4. Suivi des mutations :
- Grâce à la surveillance génomique, les chercheurs suivent des mutations spécifiques du génome viral au fil du temps.
- Les mutations dans certaines régions du génome viral, comme la protéine Spike, peuvent affecter la capacité du virus à se lier aux cellules hôtes et à échapper aux réponses immunitaires.
- La surveillance des mutations aide à comprendre les implications potentielles sur l'efficacité des vaccins, les tests de diagnostic et les stratégies de traitement.
5. Épidémiologie génomique :
- L'épidémiologie génomique associe le séquençage du génome viral aux données épidémiologiques.
- En analysant la diversité génétique et la répartition des souches de COVID-19 dans différentes régions géographiques, les scientifiques peuvent identifier les facteurs influençant la transmission et la propagation du virus.
- Ces informations soutiennent les interventions de santé publique et les stratégies de confinement.
6. Surveillance en temps réel :
- Certains groupes de recherche et agences de santé publique ont mis en place des systèmes de surveillance qui permettent de suivre en temps réel l'évolution génétique du COVID-19.
- Ces systèmes collectent et analysent en permanence les séquences du génome viral pour suivre les variantes émergentes et éclairer les politiques de santé publique et la prise de décision.
En employant ces méthodes de suivi génétique, les scientifiques visent à surveiller l’évolution du COVID-19, à identifier les risques potentiels associés aux nouveaux variants et à contribuer aux efforts en cours pour lutter efficacement contre la pandémie.
