Résumé :
Salmonella enterica sérotype Typhimurium (S. Typhimurium) est un pathogène d'origine alimentaire majeur qui peut provoquer une gastro-entérite grave chez l'homme. Le porc est un réservoir naturel important et une source essentielle d’infections humaines par la salmonellose dans le monde entier. Comprendre les bases génétiques de l'adaptation et de la colonisation de S. Typhimurium chez le porc est essentiel pour développer des interventions efficaces visant à contrôler les salmonelles dans les systèmes de production porcine et à réduire les infections humaines. Dans cette étude, nous avons effectué le séquençage du génome entier de 200 isolats de S. Typhimurium obtenus à partir de différentes sources tout au long de la chaîne de production porcine, notamment les élevages porcins, les abattoirs et les produits à base de viande de porc. L'analyse génomique comparative a révélé la présence de variants génomiques distincts associés à chaque étape de la chaîne de production, mettant en évidence la capacité des bactéries à s'adapter aux différentes conditions environnementales. Les isolats hébergeant des gènes de virulence spécifiques, tels que ceux impliqués dans l'invasion intestinale et la propagation systémique, se sont révélés plus répandus chez les porcs que chez d'autres sources, ce qui indique l'avantage sélectif de ces gènes pour la survie et la persistance au sein de l'hôte. De plus, nous avons identifié des îlots génomiques uniques aux isolats de S. Typhimurium provenant de porcs qui pourraient contribuer à leur adaptation et à leur colonisation chez cette espèce hôte. Ces résultats fournissent de nouvelles informations sur les mécanismes génétiques de l'adaptation et de la persistance des salmonelles chez l'hôte, et identifient des cibles potentielles pour contrôler les salmonelles dans la production porcine et réduire le risque d'infection humaine.
