Les bactéries possèdent un génome bien défini, qui est l'ensemble complet des molécules d'ADN qui transportent l'information génétique de l'organisme. Les bactéries ne possèdent pas de gènes cachés en dehors de leur génome. Cependant, les bactéries peuvent acquérir de nouveaux gènes par transfert horizontal de gènes, où les gènes sont transférés entre différents organismes, par exemple par l'absorption d'ADN ou de virus étrangers.