Une équipe de chercheurs de l'Université de Californie à Berkeley a développé une nouvelle méthode pour calculer la façon dont les protéines interagissent avec les médicaments. La méthode, appelée « calculateur d’interaction protéine-ligand universel et précis » (UNAPLICA), est capable de prédire avec précision l’affinité de liaison d’un médicament à une protéine, ce qui est essentiel pour comprendre le fonctionnement des médicaments et en concevoir de nouveaux.

La méthode UNAPLICA est basée sur un algorithme d’apprentissage automatique formé sur un vaste ensemble de données d’interactions protéine-ligand. L’algorithme a pu apprendre les principes généraux qui régissent la façon dont les protéines et les ligands interagissent, et peut désormais être utilisé pour prédire l’affinité de liaison d’un nouveau médicament avec une protéine sans avoir besoin d’expériences coûteuses et longues.

Les chercheurs affirment qu'UNAPLICA constitue une avancée majeure dans le domaine de la découverte de médicaments, car elle permettra aux scientifiques d'évaluer rapidement et facilement le potentiel d'un nouveau médicament candidat. Cela pourrait conduire au développement de nouveaux médicaments plus efficaces et ayant moins d’effets secondaires.

Comment fonctionne UNAPLICA

La méthode UNAPLICA fonctionne en générant d’abord un modèle tridimensionnel du complexe protéine-ligand. Ce modèle est ensuite utilisé pour calculer l’énergie d’interaction entre la protéine et le ligand, qui mesure la force avec laquelle les deux molécules se lient l’une à l’autre.

L'énergie d'interaction est calculée à l'aide de diverses méthodes, notamment la mécanique quantique, la mécanique moléculaire et les champs de force empiriques. La méthode UNAPLICA utilise ensuite des algorithmes d’apprentissage automatique pour apprendre les principes généraux qui régissent l’interaction des protéines et des ligands. Cela permet à la méthode de prédire l’affinité de liaison d’un nouveau médicament à une protéine sans avoir besoin d’expériences coûteuses et longues.

Applications d'UNAPLICA

La méthode UNAPLICA a un large éventail d'applications dans le domaine de la découverte de médicaments. Il peut être utilisé pour :

* Évaluez rapidement et facilement le potentiel d'un nouveau médicament candidat.

* Concevoir de nouveaux médicaments plus efficaces et ayant moins d'effets secondaires.

* Optimiser le dosage d'un médicament.

* Comprendre comment les médicaments interagissent avec d'autres molécules du corps.

La méthode UNAPLICA est un outil puissant qui pourrait conduire au développement de nouveaux médicaments plus efficaces et ayant moins d’effets secondaires. Cela pourrait avoir un impact majeur sur la santé et le bien-être des populations du monde entier.