Les antibiotiques ne sont généralement pas utilisés pour protéger les pommes du feu bactérien. Au lieu de cela, des bactéricides comme la streptomycine ou l'oxytétracycline peuvent être utilisés. Il existe un risque que ces composés détruisent les microbes présents dans le microbiome des arbres. Cependant, des recherches supplémentaires sont nécessaires pour comprendre le plein impact des bactéricides sur le microbiome de la pomme.