Avec l’avènement des technologies de séquençage de nouvelle génération, le séquençage de l’ADN associé à un site de restriction (RAD-seq) est devenu une méthode courante pour obtenir rapidement des polymorphismes mononucléotidiques (SNP) de haute densité dans les organismes en raison de son indépendance des génomes de référence. Cependant, peu d'études ont examiné l'impact de l'utilisation d'espèces étroitement apparentées comme génomes de référence par rapport à l'utilisation de l'espèce elle-même comme génome de référence.
Dans une étude publiée dans Plant Science , des chercheurs du Jardin botanique tropical de Xishuangbanna (XTBG) de l'Académie chinoise des sciences ont évalué les avantages et les limites des deux approches basées sur des références, en utilisant une espèce étroitement apparentée comme génome de référence plutôt que d'utiliser l'espèce elle-même comme génome de référence.
À l’aide du logiciel bioinformatique STACKS, les chercheurs ont étudié l’effet de l’utilisation de différents génomes de référence sur l’appel des SNP. Ils ont utilisé les données RAD-seq de 242 individus d'Engelhardia roxburghiana, un arbre tropical de la famille des noyers (Juglandaceae). Ils se sont concentrés sur deux génomes de référence différents :en utilisant une espèce étroitement apparentée (c'est-à-dire Pterocarya stenoptera) comme génome de référence, et en utilisant l'espèce elle-même (c'est-à-dire Engelhardia roxburghiana) comme génome de référence.
Ils ont trouvé une différence significative dans le nombre de SNP obtenus entre l'utilisation de l'espèce elle-même comme génome de référence et l'utilisation d'une espèce étroitement apparentée comme génome de référence, la première produisant significativement plus de SNP que la seconde.
"Ce résultat indique que choisir l'espèce elle-même comme génome de référence est la solution optimale pour l'appel des SNP", a déclaré Li Jie de XTBG.
Les chercheurs suggèrent que les génomes de référence d’espèces étroitement apparentées peuvent être utilisés lorsque l’espèce elle-même n’est pas disponible comme référence. Il est recommandé d'éviter d'utiliser des espèces ayant une relation phylogénétique lointaine.
"Notre étude contribue à enrichir la compréhension de l'impact de l'acquisition de SNP lors de l'utilisation de différents génomes de référence", a déclaré Meng Honghu, auteur correspondant de l'étude.
Plus d'informations : Pei-Han Huang et al, Différents génomes de référence déterminent différents résultats :comparaison des appels de SNP dans la séquence RAD d'Engelhardia roxburghiana à l'aide de différents génomes de référence, Plant Science (2024). DOI :10.1016/j.plantsci.2024.112109
Fourni par l'Académie chinoise des sciences
