Lorsque vous entendez parler du microbiote intestinal, vous arrive-t-il de vous demander quelles minuscules créatures grouillent dans votre propre corps ? En tant que microbiologiste qui étudie les microbiomes des plantes, des animaux et des humains, j'ai vu l'intérêt du public pour les microbes intestinaux grandir parallèlement à la recherche sur leur éventuelle influence dramatique sur la santé humaine. Au cours des dernières années, les techniques de test du microbiome utilisées par des chercheurs comme moi sont désormais disponibles pour les consommateurs à domicile. Ces kits de test personnels du microbiome intestinal prétendent vous dire quels organismes vivent dans votre intestin et comment améliorer votre microbiome intestinal en utilisant ces données.

Je suis devenu très intéressé par le fonctionnement de ces kits de test à domicile, le type d'informations qu'ils fournissent et s'ils peuvent vraiment vous aider à modifier votre microbiome intestinal. J'ai donc commandé quelques kits chez Viome, Biohm et Floré, les ai essayés et passé au crible mes propres données sur le microbiome. Voici ce que j'ai appris.

Comment fonctionnent les kits de microbiome intestinal ?

Tous les kits de microbiome intestinal nécessitent que vous préleviez soigneusement des matières fécales fraîches. Vous le mettez dans les différents tubes fournis dans le kit et renvoyez les échantillons à l'entreprise. Plusieurs semaines plus tard, vous recevrez un rapport décrivant les types de microbes vivant dans votre intestin et des suggestions sur la façon de modifier votre alimentation ou vos activités pour potentiellement modifier votre microbiome intestinal.

Ce que les consommateurs ne savent pas exactement, c'est comment les entreprises génèrent les données de profil microbien à partir de votre échantillon fécal. Une approche typique que j'utilise, ainsi que d'autres chercheurs sur le microbiome, consiste à extraire et à décoder le matériel génétique microbien d'un échantillon. Nous utilisons ce matériel génétique pour identifier les espèces de microbes présentes. Le défi est que ce processus peut être effectué de différentes manières et qu'il n'existe pas de normes largement acceptées pour déterminer quelle est la meilleure méthode.

Par exemple, les analyses du microbiome peuvent être effectuées sur deux types de matériel génétique, l'ARN ou l'ADN. Si le profil est basé sur l'ADN, il peut vous donner un aperçu uniquement des types de microbes présents, et non des gènes microbiens actifs ou des activités qu'ils effectuent dans votre corps. D'un autre côté, si le profil est basé sur l'ARN, il peut vous dire non seulement quels microbes sont présents, mais aussi s'ils jouent un rôle dans votre digestion ou s'ils produisent des métabolites qui peuvent réduire l'inflammation intestinale, entre autres fonctions. Viome génère ses profils en examinant l'ARN, tandis que les autres entreprises utilisent l'ADN.

D'autres choix d'analyse de données, tels que la manière dont les différents types de séquences génétiques sont triés ou les bases de données utilisées pour identifier les microbes, peuvent également affecter le niveau de détail et l'utilité des données finales. Les scientifiques du microbiome font généralement très attention à souligner ces nuances lorsqu'ils interprètent leurs propres données dans des articles scientifiques, mais ces détails ne sont pas clairement présentés dans les kits de microbiome à domicile.

Ce que j'ai appris sur mon microbiote intestinal

Bien que j'aie utilisé le même échantillon fécal pour chaque kit, bien mélangé pour assurer l'uniformité, j'ai été surpris que chacun des trois produits que j'ai essayés me donne des impressions différentes de mon microbiome intestinal.

Chaque entreprise donne une « note » globale sur la façon dont votre microbiome se compare à ce qu'elle considère comme « bon » ou « sain ». Mes scores variaient de 39 % (pas excellent) à 72 % (bon). Fait intéressant, Viome, qui déduit l'activité microbienne en utilisant l'ARN, a donné le score le plus bas. Il a noté que certaines activités microbiennes se produisant dans mon intestin, telles que la production de méthane et l'efficacité de la digestion, n'étaient pas optimales.

J'ai également été surpris par la variation de la diversité microbienne totale signalée par chaque entreprise. Alors qu'il y avait un accord général dans l'ensemble des groupes de microbes présents au niveau du phylum, un groupement biologique plus général, il y avait une vaste gamme de variations au niveau de l'espèce, le groupement le plus spécifique. Une entreprise a signalé 527 espèces de microbes dans mon microbiome, tandis qu'une autre en a signalé 312. Une n'en a signalé que 27.

La découverte la plus surprenante est peut-être que mon intestin peut abriter un microbe qui pourrait (il y a beaucoup de mises en garde ici !) me poser un problème à l'avenir si je rencontre certaines situations médicales. Même si toutes les entreprises ont explicitement recherché ce microbe dans mon échantillon de microbiome intestinal, seules deux l'ont réellement trouvé. Bien que je ne nommerai pas le microbe exact pour protéger ma vie privée, je ne suis pas trop inquiet de ce résultat car plus d'informations, telles que le séquençage complet du génome du microbe, sont nécessaires pour mieux comprendre s'il s'agit réellement d'une souche préoccupante de ce microbe. Mais cette découverte indique une variation surprenante des résultats entre les différents kits de test.

Ces données peuvent-elles vraiment améliorer votre microbiome intestinal ?

Many microbiome scientists like me would probably argue that the data these kits provide are limited in terms of giving you the power to alter your health. This is partly because gut microbiome science is still a new field with many unanswered questions.

One challenge is that different people can have different proportions of microbes present in their gut. This variation has made it difficult for scientists and health professionals to agree on what type of microbial community makes a gut "healthy." Some specific species, such as the bacterium C. diff , and some broad groups, like Proteobacteria, are usually considered undesirable in high amounts. But there is no clear consensus on why one microbiome might be better than another.

Even if you did try to improve your gut microbiome based on what your gut test told you, the results might not turn out as you hoped. Probiotics or diet changes can alter the diversity of your gut microbiome and how it functions, but studies often find that each person can have different responses to these interventions, possibly because of their own unique microbiome composition. The personalized ecology of gut microbial communities, combined with genetics, diet and other factors, makes it challenging to prescribe universal solutions.

So why bother getting a gut microbiome test? For me, it was illuminating to learn what microbes I carry around with me each day. When I eat my lunch, go for a run or get stressed out, the microbes in my gut respond to changes in my body. Researchers may not completely understand what those changes mean and how to manage our microbial partners, but getting to know who they are is a great first step.