Pour cette technique de visualisation, le bromure d'éthidium est mélangé avec de la poudre d'agarose, du tampon EDTA et de l'eau pour former la matrice de gel avant l'électrophorèse. En conséquence, les molécules de bromure d'éthidium se dispersent uniformément dans toute la matrice. Une fois que les puits du gel ont été remplis avec leurs échantillons d'ADN respectifs et les colorants de suivi, une tension est appliquée pour dessiner lentement les grands composés polaires à travers la matrice. Pendant ce mouvement, les bases des molécules d'ADN se lient temporairement les particules de bromure d'éthidium, les traînant le long. Au moment où l'électrophorèse est terminée, chaque molécule d'ADN a pris une quantité significative de bromure d'éthidium. En présence de lumière ultraviolette, le bromure d'éthidium présente une fluorescence. Les techniciens font briller une lumière UV spécialement calibrée sur le gel tandis qu'une machine capture l'image des fragments lumineux.

Bleu de méthylène

Si un transilluminateur UV n'est pas disponible ou pratique, les techniciens peuvent rendre l'ADN visible dans des conditions normales en trempant le gel d'agarose fini, avec de l'ADN électrophorèse à l'intérieur, dans une solution de bleu de méthylène pendant la nuit. Un sel de chlorure avec un anion significativement hydrophobe, les molécules de bleu de méthylène pénètrent toute la matrice de gel. Cependant, la liaison hydrogène à travers l'ADN provoque l'accumulation des molécules de coloration. Cette augmentation de la densité des taches autour de l'ADN donne une nuance de bleu plus profonde, visible à l'œil nu.

Au-delà de la taille relative des bandes d'ADN, les techniciens peuvent mesurer la taille absolue ( en paires de bases) de chaque fragment en utilisant des produits chimiques appelés colorants de suivi. Visibles sans addition de bleu de méthylène ou de bromure d'éthidium, les colorants de suivi tels que le bleu de bromophénol et le xylène cyanol se déplacent à travers les matrices de gel d'aragose pendant l'électrophorèse à la même vitesse que les fragments d'ADN constitués respectivement de 300 nucléotides et 4000 nucléotides. En électrophorèse, des fragments d'ADN plus massifs se déplacent à travers la matrice de gel à une vitesse plus lente que les fragments plus petits. Par conséquent, alors que les colorants de suivi n'influencent pas directement la visibilité des fragments d'ADN, la comparaison de la position d'un fragment d'ADN dans le gel à la position de ces colorants permet aux techniciens de "voir" le nombre approximatif de nucléotides.