Une nouvelle analyse de génomes anciens suggère que différentes branches de l'arbre généalogique humain se sont croisées plusieurs fois, et que certains humains portent l'ADN d'un archaïque, ancêtre inconnu. Melissa Hubisz et Amy Williams de l'Université Cornell et Adam Siepel du Cold Spring Harbor Laboratory rapportent ces résultats dans une étude publiée le 6 août dans PLOS Génétique .

Environ 50, il y a 000 ans, un groupe d'humains a migré hors d'Afrique et s'est croisé avec des Néandertaliens en Eurasie. Mais ce n'est pas la seule fois où nos anciens ancêtres humains et leurs proches ont échangé de l'ADN. Le séquençage de génomes de Néandertal et d'un groupe ancien moins connu, les Dénisoviens, a fourni de nombreuses nouvelles informations sur ces événements de métissage et sur le mouvement des anciennes populations humaines. Dans le nouveau journal, les chercheurs ont développé un algorithme d'analyse des génomes qui permet d'identifier des segments d'ADN provenant d'autres espèces, même si ce flux de gènes s'est produit il y a des milliers d'années et provenait d'une source inconnue. Ils ont utilisé l'algorithme pour examiner les génomes de deux Néandertaliens, un Denisovan et deux humains africains. Les chercheurs ont trouvé des preuves que 3% du génome de Néandertal provenaient d'anciens humains, et estimer que le métissage a eu lieu entre 200, 000 et 300, il y a 000 ans. Par ailleurs, 1% du génome de Denisovan provenait probablement d'un parent inconnu et plus éloigné, peut-être Homo erectus, et environ 15% de ces régions "super-archaïques" peuvent avoir été transmises aux humains modernes qui sont vivants aujourd'hui.

Les nouvelles découvertes confirment les cas précédemment signalés de flux de gènes entre les humains anciens et leurs proches, et pointent également vers de nouveaux cas de métissage. Étant donné le nombre de ces événements, les chercheurs disent que l'échange génétique était probable chaque fois que deux groupes se chevauchaient dans le temps et dans l'espace. Leur nouvel algorithme résout le problème difficile de l'identification de minuscules restes de flux de gènes qui se sont produits il y a des centaines de milliers d'années, alors que seule une poignée de génomes anciens sont disponibles. Cet algorithme peut également être utile pour étudier le flux de gènes chez d'autres espèces où des croisements ont eu lieu, comme chez les loups et les chiens.

"Ce que je trouve passionnant à propos de ce travail, c'est qu'il démontre ce que vous pouvez apprendre sur l'histoire humaine profonde en reconstruisant conjointement l'histoire évolutive complète d'une collection de séquences d'humains modernes et d'homininés archaïques, " a déclaré l'auteur Adam Siepel. " Ce nouvel algorithme que Melissa a développé, ARGweaver-D, est capable de remonter plus loin dans le temps que toute autre méthode de calcul que j'ai vue. Il semble être particulièrement puissant pour détecter l'introgression ancienne."